文本挖掘工具如何提高你的文獻搜索嗎

在開始任何新的研究項目之前,這是至關重要的,盡可能全麵了解當前的研究文獻。知道別人做了什麼會阻止你複製現有工作,並將可能表明有待進一步研究領域。如果你工作在同一學科領域在許多年中,你將從自己的閱讀和積累這方麵的知識從你的同事和上司。但你怎麼能趕上很快在新的領域?也許你混動/芯片/微陣列實驗提出了一些可能的相互作用蛋白質你一點都不了解。或者你正在製定一個新的假說,想在文獻中找到證據。

PubMed是大多數科學家的第一停靠港的文獻搜索,在這個網站有很多好教程解釋如何獲得最大的從這個工具。然而,許多人都不知道還有幾個有前途的文本挖掘工具,提供更複雜的文本搜索功能,如語義搜索,很容易被實驗生物學家。這些工具分析一篇文章的自由文本使用公開可用的Medline數據並提取搜索條件之間的關係,這些關係指數,目前他們的結果幾乎立即。

在這裏,我將重點介紹三個文本挖掘工具是由英國國家中心的文本挖掘(NaCTeM)在曼徹斯特。這些工具都有方便的web界麵,所以很容易給他們一試,看看他們對你是有用的。

MEDIE是一個智能搜索引擎,很容易識別生物醫學相關性。您可以使用這個工具來尋找生物實體之間的關係用主語-動詞-對象的查詢,例如,“myprotein-causes-cancer”或“mygene-regulates-lipid代謝”。這個工具的一個不錯的功能是返回結果的文本片段顯示的句子關係推導出,所以你可以非常快速地評估他們的相關性。

Kleio提供了增強的搜索功能通過解釋清楚替代名稱和尋找所有搜索詞的同義詞。例如,搜索“interleukin-1”也將匹配文本包含術語“摘要意思”和“il - 1”。

最後,呈文搜索兩兩相關概念之間的聯係。如果你有這樣的問題:“特定基因相關疾病是什麼?”或“與特定疾病相關的化合物是什麼?”,那麼這個工具可以幫助你。一個特別有趣的特性是呈文尋找間接聯係的能力將不會立即明顯的從閱讀單獨的抽象。這個工具也強調了相關文本從抽象識別為協會提供證據。

當然,文本挖掘並不完美——英語是如此豐富多彩,可以以各種方式表達一個想法,並不是所有的啟發式規則的捕獲文本挖掘算法。但是這些工具非常簡單和快速使用,他們可以添加到你的文獻檢索今天曲目!

你使用任何這些嗎搜索文獻的工具嗎?你推薦其他工具做什麼?