DNA沉澱:乙醇vs異丙醇

作為我們關於乙醇沉澱DNA和RNA，這篇文章解釋了乙醇和異丙醇中DNA沉澱的區別，幫助你弄清楚哪種方法是你實驗的最佳選擇。

DNA沉澱要求

首先，讓我們回顧一下用乙醇沉澱DNA或RNA所需的成分:

1.鹽來中和核酸主幹上的電荷。這導致DNA變得不那麼親水並從溶液中沉澱出來。

2.用冰來冷卻樣品。較低的溫度促進核酸的絮凝，使它們在微型離心機的離心力下形成更大的複合物。

3.核酸濃度高到足以迫使DNA脫離溶液(如果濃度不夠高，可以添加載體核酸或糖原以提高回收率)。

4.微型離心機使樣品成粒。

異丙醇與乙醇:DNA溶解度

DNA在異丙醇中不易溶解，所以即使濃度很低，它也會快速沉澱。然而缺點是鹽也會在異丙醇中沉澱。使用乙醇時，DNA需要在更高的濃度下才能絮凝，但即使在較低的溫度下，鹽也傾向於保持可溶性。

DNA在35%異丙醇和0.5 M鹽中沉澱。使用乙醇時，0.5 M鹽的最終濃度需要在75%左右。因此，對於典型的沉澱方案，異丙醇從0.7-1體積的樣品中添加，乙醇在2-2.5體積的樣品中添加。

選擇合適的溶劑:樣品體積

如果你要沉澱少量的DNA，並且你可以將所需的溶劑放入樣品管中，那麼冰冷的乙醇是首選。你可以把它冷藏起來液態氮或在-80°C)加速沉澱，而不會有沉澱過多鹽的風險。之後，你需要用70%的乙醇清洗球團，以去除所有的鹽。

異丙醇適用於大樣品量，例如使用大體積質粒試劑盒後得到的洗脫物。因為沉澱所需的異丙醇較少，所以通常可以將樣品和溶劑放入一個15毫升的試管中。

然而，由於鹽通常在異丙醇中比在乙醇中更不易溶解，它們傾向於與DNA共沉澱。為了減少鹽析出的可能性，異丙醇在室溫和較短的孵育時間下析出效果最好。

一旦你從異丙醇中回收DNA或RNA顆粒，用70%的冷乙醇清洗它，以去除多餘的鹽，並將異丙醇換成乙醇。它如果你確定異丙醇沉澱的樣品不含大量的鹽，可以冷凍樣品。

因為DNA在異丙醇中不易溶解，所以異丙醇比乙醇能沉澱出更大的種類和更低濃度的核酸，尤其是在低溫下長時間培養的情況下。

如果你這樣做，記得在球團後用70%的乙醇洗幾次球團，以減少你帶鹽的量。

簡而言之，是乙醇還是異丙醇?

使用乙醇如果:

1. 你有足夠的空間在試管裏裝下兩體積的乙醇。
2. 樣品需要長時間保存，並進行冷凍。
3. 你需要沉澱非常小的DNA片段。

使用異丙醇:

1. 你的樣品體積很大，你隻能把一卷溶劑放進你的管子裏。
2. 你需要大分子量的物種。
3. 你樣本裏的DNA濃度很低。
4. 你很匆忙，想在室溫下加速核酸的沉澱。

方便的技巧

• DNA乙醇沉澱:
  • 向樣品中加入2量乙醇，在-20°C冷凍至少1小時或過夜，以獲得最佳效果。
  • 將樣品以全速離心20分鍾，以收集所有材料。
  • 用70%乙醇清洗，然後離心10-15分鍾，使DNA顆粒化。
  • 記住，標記管的一邊，顆粒是預期的，不要讓它離開你的視線，當換瓶乙醇!

• DNA異丙醇沉澱:
  • 避免寒冷的溫度，因為可能會產生過多的鹽沉澱。
  • 為了增加沉澱的產量，將樣品混合物在室溫下孵育較長時間，而不是將樣品冷卻。
  • 當DNA被製成顆粒狀時，顆粒有時比乙醇顆粒更難看到。它可以是透明的，玻璃般的。再次確認，要注意管的一側應該是小球的位置。在倒入異丙醇和70%乙醇洗液之前尋找它。
  • 用乙醇洗滌後，顆粒變得可見和白色。在倒出上清液之前，確保它不會從管壁的一側滑落。讓管子倒掛幾分鍾，讓它風幹，或使用離心蒸發器(5分鍾就足夠了)，然後在緩衝液中重新懸浮。

• 最後，對於幹燥的DNA顆粒，在緩衝液中加熱50-60°C將有助於DNA更快地溶解，而不會DNA損傷．加熱也適用於RNA，在不超過42°C的水浴中加熱。過度幹燥的DNA和RNA需要更長的時間才能溶解，所以確保不要蒸發太久。

現在你知道了乙醇和異丙醇沉澱法的區別，以及什麼時候使用每種方法。祝你的DNA沉澱好運!

參考文獻

1. 格林先生，薩姆布魯克J。DNA與異丙醇的沉澱．冷泉港協議。2017(8):pdb.prot093385。

最初發表於2009年12月10日。2021年8月更新並再版。