十大幫助你進行PCR實驗的網站

無論你正在攻讀分子生物學博士學位，試圖擴增一個新基因，通過qPCR分析基因表達，還是試圖解決一個PCR問題，你可能會在某個時候求助於穀歌搜索。

當你穀歌“PCR”時，你如何分類> 2000萬次點擊?這個前10個PCR網站的列表包含了我和同事使用的網站，對於以下任何PCR問題都應該是一個很好的選擇:

• 引物設計
• 引物和擴增子的一般性質計算(Tm，二級結構，引物二聚體)
• 預測脫靶放大
• 限製映射您的PCR產物，以幫助克隆
• 相對基因表達分析您的原始qPCR數據
• 從擴增曲線的斜率來估計PCR效率這樣就不用跑了qPCR標準曲線
• 尋找新的PCR試劑和設備
• PCR故障診斷及建議
• PCR協議

1.Primer3

Primer3是一個非常簡單而高效的引物設計在線界麵。你隻需粘貼你的目標序列並搜索引物。您可以選擇多種方法來優化結果，包括所需PCR產物的大小、引物大小、Tm範圍和其他參數。您也可以使用Primer3設計用於PCR-ELISA和其他基於探針的應用的雜交探針。

2.國家生物技術信息中心(NCBI)

你知道NCBI網站不僅可以用於文獻和BLAST搜索嗎?在底漆爆炸你可以搜索合適的引物對(很像Primer3)，或者你可以輸入特定的引物序列，並通過執行引物爆炸來檢查它們的特異性，幫助你避免脫靶放大。如果你的模板是全基因組DNA，如果你試圖放大一個作為多基因家族一部分存在的基因，那麼對你感興趣的基因組進行引物爆炸可能特別有用。當然，如果你從質粒中擴增你的目標，非特異性PCR產物的風險將會降低。

3.連續切割

Serial Cloner可以免費下載，適用於Mac和Windows操作係統，如果你定期進行PCR和克隆，它絕對值得擁有。一旦你安裝了程序並保存了你的DNA和引物序列，你就可以運行假設的pcr，查看限製位點，進行測試摘要(你甚至可以添加你的分子量標記來了解你的瓊脂糖凝膠應該是什麼樣子!)，進行序列比對，計劃網關克隆實驗等等。您也可以使用串行克隆來準備質粒的地圖以及克隆設置的圖表，以幫助您的演示和報告。我認識的大多數分子生物學家都相信連環克隆者J。

4.集成DNA技術

雖然不是專門的PCR網站，你可以在這裏找到很多非常有用的工具來幫助你計劃你的PCR和實時PCR實驗。您可以計算引物和擴增子的一般性質，以及根據您的特定需求設計高度定製的寡核苷酸。該頁麵還提供了方便的稀釋和再懸浮計算器，以幫助您準備工作底漆溶液的可怕任務(至少對我來說!)。

5.基因量化頁麵

這對於開始qPCR研究的人來說是一個很好的資源。該網站由Michael P. Pfaffl編輯，他是著名的qPCR相對定量Pfaffl方法(Pfaffl, 2001)背後的人。在這裏你可以找到你想知道的關於qPCR的一切，包括新興的qPCR應用，化學，qPCR背後的方法和算法，定量實時PCR實驗(MIQE)出版的最低信息，循環器，試劑盒，染料，分析方法，事件和相關服務。除此之外，許多商業和學術機構對他們的產品提供了非常好的概述qPCR平台

6.釀酒基因組數據庫

雖然網站上的資源是為酵母研究而優化的，但我一直發現他們的限製映射工具非常友好，輸出清晰易讀。Webcutter^©是創建易於閱讀的限製映射的另一個選項。

7.Rest 2009實時量化軟件

該軟件由Michael P. Pfaffl和Qiagen開發，是實時PCR實驗原始數據量化的重要資源。要訪問該軟件，您必須在試劑盒的網站選擇你的樂器。該軟件應用了一個數學模型，該模型考慮了感興趣基因和參考基因的不同PCR效率。

8.LinRegPCR

該軟件可從學術醫療中心(AMC，荷蘭)免費下載，適用於Windows操作係統，可用於從擴增曲線的斜率估計PCR效率。這適用於使用SYBR綠色或其他熒光探針的qPCR反應，顯然與所有qPCR儀器的數據兼容。對PCR效率進行可靠的估計可以避免對標準曲線的需求，可能會為您的qPCR實驗節省大量時間。可以找到估算PCR效率的其他方法在其他地方．有關不同量化方法的深入討論和比較，請參閱Ruijteret al .,2013.

9.研究門

這有點像研究人員的Facebook，在那裏你可以與同事聯係並關注他們，上傳你的出版物，並參與有關所有研究相關主題的積極討論。您需要創建一個登錄來使用這個網站。檢查PCR部分，在那裏你可以問任何與全球社區的PCR相關的問題。回答時間似乎很快，一旦你沒有完全“盲目”，你可能會得到很多有用的建議，你的PCR問題。

10.網絡協議

這類似於研究門的問答部分，盡管不需要登錄。雖然這個網站可能有點讓人不知所措(有多個鏈接到鏈接和很多廣告)，但我認為它是一個很好的協議、故障排除和建議資源。很多內容都是基於用戶體驗，所以在使用這些信息時你應該自行判斷。根據我的經驗，在搜索框中輸入你的問題，你會得到很長的路要走，因為你幾乎總是會發現別人已經問過你的確切問題，並從該領域得到了很多答案。

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1. Untergrasser A, Cutcutache I, Kõressaar T, Ye J, Faircloth BC, Remm M, Rozen SG (2012)Primer3 -新的功能和接口．核酸研究40:e115
2. Koressaar T, Remm M (2007)引物設計程序Primer3的增強和修改．生物信息學23:1289-91
3. Pfaffl MW (2001)一種新的實時RT-PCR相對定量數學模型．核酸res . 5月1日;29: e45
4. Ruijter JM, Pfaffl MW, Zhao S, Spiess AN, Boggy G, Blom J, Rutledge RG, Sisti D, Lievens A, De Preter K, Derveaux S, Hellemans J, Vandesompele J (2013)qPCR曲線分析方法的可靠生物標誌物發現評價:偏倚、分辨率、精密度和影響。方法59:32-46

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